Tidak ada keberhasilan sektor pertanian tanpa adanya kebutuhan pupuk yang cukup. Setidaknya ada 6 jenis pupuk bersubsidi dari pemerintah untuk didistribusikan ke seluruh petani di Indonesia. Keenam jenis pupuk tersebut adalah : Urea, NPK, SP-36, Pupuk ZA, Pupuk organik, ZK.
Pupuk-pupuk tersebut diproduksi oleh perusahaan pupuk Indonesia antara lain :
1. PT. Pupuk Kaltim,
2. PT. Pupuk Kujang,
3. PT. Petrokimia Gresik,
4. PT. Pupuk Iskandar Muda,
5. PT. Pusri Palembang dan
6. PT. Pupuk Indonesia sebagai holding company.
Produksi pupuk dalam negeri belum dapat mencukupi seluruh kebutuhan pupuk di Indonesia. Diperkiraan kebutuhan pupuk di Indonesia mengalami kenaikan 5-7% per tahun karena Indonesia masih merupakan negara agraris. Hal ini menyebabkan pemerintah perlu melakukan impor pupuk dari negara lain. Negara pengekspor pupuk ke Indonesia antara lain Rusia, Amerika Serikat, Cina, Kanada, Mesir, Yordania.
Selain karena kurangnya jumlah produksi di Indonesia, impor juga dilakukan karena harga pupuk impor lebih terjangkau dibanding harga pupuk lokal. Keterbatasan produksi ini disebabkan kurangnya investasi dan teknologi serta bahan baku di Indonesia. Hal ini juga memengaruhi kualitas pupuk di Indonesia terutama jenis pupuk organik. Impor pupuk membantu menjamin kebutuhan pupuk jangka panjang serta mengamankan kenaikan kebutuhan selama masa tanam.
Sebagai salah satu upaya mendukung swasembada pangan Indonesia, Pupuk Indonesia akan menambah kapasitas produksi melalui mega proyek Kawasan industri pupuk di Fakfak, Papua Barat. Proyek ini diberitakan pada Maret 2025 oleh direktur utama pupuk Indonesia di Jakarta. Pupuk Indonesia akan berinvestasi sebesar 116 triliun rupiah. Upaya ini sebagai Langkah perencanaan dan antisipasi pertumbuhan penduduk Indonesia dan kebutuhan beras nasional di tahun-tahun mendatang. Rencana Pembangunan mega proyek akan dimulai pada tahun 2026 dan ditargetkan mulai beroperasi di 2028 dengan kapasitas produksi hingga 1.15 juta ton pupuk urea dan 825 ribu ton ammonia per tahun.
Distribusi pupuk bersubsidi ke petani di daerah tidaklah selalu mulus. Panjangnya regulasi yang harus dilakukan mempersulit petani untuk mendapatkan pupuk tepat waktu. Hal ini dapat memengaruhi hasil tanam karena pertumbuhan tanaman sangat bergantung pada cuaca dan kondisi sekitar saat itu. Pupuk bersubsidi juga banyak diselewengkan, dijual ke petani dengan harga non-subsidi. System yang kompleks juga membuat distribusi pupuk bersubsidi di Indonesia menjadi kurang merata atau tidak tepat sasaran. Oleh karena itu, PT Pupuk Indonesia mengambil alih tata Kelola penyaluran pupuk bersubsidi. Pemangkasan rantai distribusi pupuk bersubsidi ke petani dilakukan. System penebusan pupuk didigitalisasi dengan aplikasi I-Pubers berbasis Nik, sehingga hanya bermodal KTP, petani sudah bisa menebus pupuk bersubsidi. Pemerataan dan pergerakan stok pupuk juga dapat terlihat secara online dan real time.
Berikut adalah syarat petani yang berhak mendapatkan pupuk bersubsidi: petani terdaftar dalam e-RDKK (Elektronik Rencana Definitif Kebutuhan Kelompok), petani harus aktif tergabung dalam kelompok tani (Poktan), luas lahan yang digarap petani tidak lebih dari dua hektar per musim tanam, serta petani menanam komoditas pertanian pupuk bersubsidi. Prioritas utama komoditas pertanian pupuk bersubsidi antara lain padi, jagung, kedelai, cabai, bawang merah, bawang putih, tebu, kakao, kopi, dan singkong. Prioritas ini dilakukan karena kebutuhan pupuk nasional lebih besar dari jumlah ketersediaan pupuk bersubsidi.